Aux environ de 1090 l'église était totalement délabrée et la construction d'un nouvel édifice fut décidé. L'Evêque de Florence, Ranieri,consacra le nouvel édifice en 1094.

En 1221, avec l'arrivée de frères dominicains venus de Bologne auxquels se joignirent très vite des florentins, les dimensions de l'église et des locaux d'habitation se révélèrent trop exigus.

Quand en 1244 le frère dominicain Pierre de Verone vint prêcher l'édifice ne suffit pas à contenir les fidèles.

La première pierre de l'église que nous connaissons aujoud'hui fut posée le 18 octobre 1279, en présence de Latino Malabranca, neveu du pape Nicolas III qui se trouvait à Florence comme Légat du pape pour sceller la réconciliation entre les guelfes et les gibelins.

Il semble que la conception de l'église fut l'œuvre de deux dominicains, frère Sisto da Firenze et frère Ristoro da Campi qui s'inspirèrent du style gothique cistercien.

Le grandiose ouvrage fut terminé en 1357 mais il fut consacré par le pape Martin V en 1420 seulement.

Sur la droite de l'ancienne église s'élevait une grosse tour qui servait de poste de guet. Elle permettait de donner l'alerte en cas d'incendies. On éleva le campanile sur ses fondations. Il a 68,80 mètres de haut. Pour contrecarrer les effets de la perspective le nombre et la largeur des fenêtres va en augmentant au fur et à mesure que l'on s'élève dans les étages.Il s'achève par une flèche en briques de forme pyramidale.

La place qui se trouvait devant l'église se révéla être trop petite par rapport à la nouvelle construction et en 1287 un décret de la République Florentine ordonna la réalisation d'une place qui fut digne de l'édifice en construction.

Jusqu'à la fin du moyen âge cette place fut le théâtre des festivités, joutes et tournois. Les deux obélisques en marbre de Serravezza, chacun posé sur quatre tortues de bronze et couronnés par le lys de florence servaient de bornes pour la course du Pallio dei Cocchi. Ces obélisques sont l'oeuvre de Giambologna (Jean de Bologne).

Sur le côté de la place opposé à l'église se trouve la loggia de l'hopital Saint Paul fondé au XII ème siècle.

Par la suite, dans la seconde moitié du XIV ème siécle, l'église fut aggrandie et dotée d'un galerie avec des colonnes de pierre. Sur la facade on peur voir des médaillons de terre cuite réalisés par Andrea della Robia